Ключи обычно разлетаются когда поиском и заменой дубли чистят
Значит все-таки удаление дублей. Тогда понятно, почему эффект временный.
Ключи хорошо схлопываются поиском и удалением дублей, я не раз так делала. Новые формируются при проведении документов. И смотреть надо надо не регистр аналитика учета по партнёрам, а именно ключи учета по партнёрам.
И удалять дубли в нём, а регистре аналитика учета по партнёрам удалятся сами. Там есть встроенная обработка, через кнопку ещё. Я схлопывала направления деятельности, мне помогло поиск и удаление дублей.
В дополнении к вышесказанному, после чистки дублей партнёров или номенклатуры потом ещё нужно чистить дубли ключей.