Да, попробуйте ГТД впилить.
Мы ловили похожий глюк, лечили очисткой таб части Виды запасов у документа расхода, перепроведение документа ставит Номер ГТД на место.
Глюк возникает при вводе приходов по номерам ГТД позже расхода, т.е. задним числом.
Основная проблема в том что таб часть Виды запасов обычно скрытая + некоторые документы нельзя отменить проведение и провести заново.
Мы обработку на Инфостарте покупали, которая ГТД распределяет. Перепроводит все движение. Раскладывает ГТД в движения. Правда потом свою подобную написали. Перед закрытием месяца прогоняем.
Таблица "виды запасов" перезаполняется только если проводится не проведенный документ. Вам нужно снять с проведения документ в котором не встало гтд и заново провести (а не просто перепровести). Что бы дало это сделать отключите контроль остатков для текущего сеанса (в НСИ и Администриоовании)